Matériel disponible
La mission principale de la BQC19 est de mettre à disposition de la communauté scientifique des échantillons biologiques et des données cliniques et expérimentales provenant de patients ayant développé la COVID-19 et de participants témoins.
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La BQC19 a établi des procédures de laboratoire pour la collecte du matériel biologique qui ont été appliquées dans chacun de ses sites participants.
Vous trouverez les procédures détaillées ici.
Prélèvements effectués
Les prélèvements sanguins minimaux requis consistent en un tube de plasma sur ACD (acid citrate dextrose) et un tube PAXgene©. Dans certains cas, seul un tube de plasma sur ACD a pu être prélevé (ensemble limité).
La collecte optimale des prélèvements comprend :
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Un tube PAXgene©;
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Trois tubes de prélèvements sur ACD;
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Un tube à bouchon rouge ou SST*.
Les tubes de prélèvements doivent rester à température ambiante avant leur traitement. Le délai de traitement idéal est de moins de six heures entre l’heure de prélèvement et le traitement de l’échantillon. Un délai de moins de 12 heures est acceptable pour la plupart des analyses. Si le délai est de plus de 12 heures, un nombre significatif d’analyses seront moins réalisables ou fiables. Le délai de traitement est noté sur les feuilles de travail et noté dans la base de données compilant les inventaires.
Échantillons biologiques recueillis
La BQC19 offre plusieurs types d’échantillons biologiques à partir des prélèvements sanguins obtenus. Ces échantillons sont :
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ARN, extrait de tube PAXgene©;
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ADN, extrait de sang complet sur ACD;
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Sérum, à partir de tubes à bouchon rouge ou SST;
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Plasma sur ACD;
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Cellules mononuclées du sang périphérique (Peripheral Blood Mononuclear Cells - PBMCs) à partir de plasma sur ACD;
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Autres échantillons biologiques en nombre très limité et ponctuel (plasma hépariné et plasma sur EDTA) provenant de restants de prélèvements cliniques;
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Prélèvements pédiatriques : le cadre de gestion pédiatrique permet le recueil d’autres types d’échantillons plus spécifiques, en quantité très limitée.
Les échantillons biologiques sont attribués selon des proportions établies dans le cadre de gestion entre les collections provinciales et les collections locales des sites participants.
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La BQC19 exige de recevoir les résultats des analyses faites à partir de ces échantillons afin de les ajouter à sa collection de données pour ensuite les redistribuer à la communauté scientifique.
ARN
La collecte de sang complet se fait dans des tubes PAXgene© où l’on collecte 2,5 ml de sang complet dans un milieu aidant à la préservation de l’ARN. Aucune manipulation n’est faite sur ces tubes à l’exception de l’entreposage.
Ceux-ci sont conservés 24 h à température ambiante puis transférés pour 24 h à -20 ºC avant d’être conservés à -80 ºC pour un entreposage à long terme avant leur extraction.
L’ARN est extrait à partir de tubes PAXgene© selon les procédures de QIAGEN. L’éluât recueilli est d’un volume de 80 µl et avec une concentration moyenne de 115,7 ng/µl.
Des analyses transcriptomiques faites par la BQC19 sont en cours et seront disponibles via l’accès aux données. Les données seront bonifiées dans le temps avec l’arrivée de nouveaux résultats.
Des extraits d’ARN seront mis à disposition de la communauté scientifique. L’accès à ces extraits se fait via une demande d’accès aux échantillons. Les échantillons seront fournis en quantité totale d’ARN en ng selon les besoins du chercheur et les quantités disponibles.
ADN
La collecte de prélèvements sanguins pour l’extraction d’ADN se fait dans des tubes de prélèvements sur ACD. Le prélèvement pour les analyses d’ADN ne se fait qu’à un seul moment durant l’étude, soit au recrutement du participant.
Le sang complet des tubes est transféré dans un tube unique pour les combiner. Deux échantillons de 0,5 ml sont recueillis dans des tubes de cryoconservation pour l’extraction d’ADN. Ces deux aliquotes sont par la suite transférées pour entreposage à long terme à -80 ºC. Le reste du sang complet est utilisé pour le recueil de plasma.
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Les échantillons sont par la suite transférés au McGill Genome Centre pour l’extraction d’ADN.
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L’extraction est faite à partir de 0,4 ml de sang complet. Elle est effectuée selon une méthode sur Perkin Elmer Chemagic utilisant le kit CMG-1091. Le volume d’élution final est de 200 µl.
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Les quantités d’ADN disponibles ont une concentration moyenne de 43,51 ng / µl avec une quantité moyenne de 8,198 ng.
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​Des analyses génomiques faites par la BQC19 sont en cours. Leurs résultats sont disponibles via l’accès aux données et seront bonifiés avec l’ajout de données génomiques supplémentaires.
Des extraits d’ADN seront aussi mis à disposition de la communauté scientifique. L’accès à ces extraits se fait via une demande d’accès aux échantillons. Les échantillons seront fournis en quantité totale d’ADN en ng selon les besoins du chercheur et les quantités disponibles.
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Plasma
Le plasma est recueilli sur ACD. Ce type de plasma a été priorisé pour favoriser un meilleur retour des PBMCs. La BQC19 collecte également des spécimens ponctuels de plasma sur héparine et sur EDTA. Ceux-ci sont en quantité limitée. Ils proviennent de prélèvements cliniques restants qui ont pu être mis en banque.
Tous les plasmas sont manipulés selon le même protocole. Le tube de sang complet combiné est centrifugé à 850 g pendant 10 minutes à température ambiante sans frein. Le plasma est ensuite aspiré en évitant d’aspirer l’interface des globules blancs entre le plasma et le culot des globules rouges.
Le plasma est alors transféré en aliquotes de 0,25 et 0,5 ml dans des tubes de cryoconservation de 1,5 à 2 ml. Si le volume total recueilli est important, il est possible de faire des aliquotes de 1 ml. Les échantillons sont par la suite transférés à -80 ºC pour un entreposage à long terme.
Le nombre d’aliquotes et le volume sont variables et dépendent de la situation clinique des participants ayant développé une maladie sévère. Le volume total varie entre 4,5 ml et 15 ml. Le nombre d’aliquotes recueillies lors des suivis est plus stable et leur volume total est plus important.
Des analyses protéomiques, métabolomiques, immuno-sérologique et des analyses de laboratoire de base sont en cours et seront disponibles via l’accès aux données. Les résultats seront bonifiés périodiquement lors de la réception de nouveaux résultats d’analyses.
Les plasmas sont mis à disposition de la communauté scientifique. L’accès à ces échantillons se fait via une demande d’accès aux échantillons. Le plasma sera fourni en aliquotes de 0,25 ml, 0,5 ml ou 1 ml selon les besoins du chercheur et les quantités disponibles.
Cellules mononuclées de sang périphérique (PBMCs)
Les PBMCs sont recueillis à la suite de la centrifugation pour la collecte du plasma. Deux méthodes de recueil peuvent être utilisées soit la méthode de Ficoll-Hypaque ou la méthode alternative SEPMATE. Vous trouverez le détail des manipulations pour le recueil des PBMCs ici.
Une fois l’isolement des PBMCs effectué, ils sont congelés dans une solution de FBS 20 % DSMO dans des tubes de cryoconservation NALGENE de 1 à 2 ml. La concentration finale est ajustée à 10 millions de cellules par ml. Les tubes sont transférés à -80 ºC dans une boîte de congélation «Mr Frosty» pour 24 h et puis transférés dans des cuves d’azote liquide pour un entreposage à long terme.
La possibilité de recueil des PBMCs est variable. Le nombre médian d’aliquotes est de deux dont une est dédiée à la collection provinciale.
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La répartition de la quantité totale (en million de cellules) de PBMCs à la BQC19 est la suivante (incluant la collection locale)
L’accès à ces échantillons se fait via une demande d’accès aux échantillons. Les PBMCs seront fournis en aliquotes d’environ 10 millions de cellules par ml selon les besoins du chercheur et les quantités disponibles.
Sérum
La BQC19 n’a aucun échantillon de sérum pour les participants avec maladie sévère de la première vague de la pandémie de COVID-19. Le sérum peut être prélevé sur des tubes SST (contenant un activateur de culot et une interface de gel pour séparer les phases) ou sur les tubes à bouchon rouge. Le volume des tubes de prélèvement varie entre 4 à 10 ml en fonction des tubes utilisés.
Tous les sérums sont manipulés selon le même protocole. Le tube de sang complet est centrifugé à 2000 g pendant 10 minutes à température ambiante avec frein.
Le sérum est alors transféré en aliquotes de 0,25 et 0,5 ml dans des tubes de cryoconservation de 1,5 à 2 ml. Si le volume total recueilli est important, il est possible de faire des aliquotes de 1 ml. Les échantillons sont par la suite transférés à -80 ºC pour un entreposage à long terme.
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Le nombre d’aliquotes et le volume sont variables et dépendent de la situation clinique des participants ayant développé une maladie sévère. Le nombre d’aliquotes recueillies lors des suivis est plus stable et leur volume total est plus important.
L’accès à ces échantillons se fait via une demande d’accès aux échantillons. Le sérum sera fourni en aliquotes de 0,25 ml, 0,5 ml ou 1 ml selon les besoins du chercheur et les quantités disponibles.