Analyses de base
La BQC19 effectue une série d’analyses de ses échantillons.
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Ces analyses permettent aux chercheurs d’obtenir des données expérimentales multiomiques à partir d’un vaste ensemble d’échantillons en utilisant les mêmes protocoles. Cette approche favorise la recherche de pointe sur les déterminants biologiques de la COVID-19. En outre, elle ralentit tout épuisement rapide des échantillons collectés en évitant les redondances des analyses de référence. Il est possible d’obtenir les résultats de ces analyses en déposant une demande d’accès aux données de la BQC19.
Les analyses d’échantillons englobent ce qui suit :
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deux types d’analyses protéomiques;
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analyses métabolomiques;
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analyses immunosérologiques;
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analyses transcriptomiques;
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analyses génomiques;
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analyses de laboratoire cliniques réalisées sur la plateforme de ROCHE.
La sélection des échantillons
La sélection des échantillons repose sur les critères suivants en fonction du degré de gravité de la maladie et de nombreuses présentations cliniques :
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Participants hospitalisés séropositifs au virus SARS-CoV-2, présentant une maladie grave.
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Participants hospitalisés séropositifs au virus SARS-CoV-2, atteints de la maladie aux stades modéré à grave.
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Participants séropositifs au virus SARS-CoV-2, atteints d’une maladie asymptomatique ou légère (avec ou sans symptômes persistants).
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Témoins (participants séronégatifs au virus SARS-CoV-2).
Les analyses sont effectuées sur des spécimens cliniques qui ont été collectés dans les situations suivantes :
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Environ 1400 échantillons, de cas COVID positifs et COVID négatifs, ont été collectés pendant l'hospitalisation, dans la phase aiguë de l'infection.
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Quatre cents autres échantillons provenant de participants hospitalisés ont été recueillis après l'hospitalisation, soit environ 90 jours après la date de l'infection.
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Enfin, environ 200 échantillons ont été analysés à partir de participants COVID négatifs et COVID positifs qui n'ont pas été hospitalisés, environ 90 jours après la date d'infection, avec et sans symptômes persistants. Enfin, environ 2 échantillons ont été analysés chez les participants COVID négatifs et COVID positifs qui n'ont pas été hospitalisés, environ 90 jours après la date d'infection, avec et sans symptômes persistants.
Les analyses de base de la BQC19
Séquençage pangénomique et génotypage (GWAS) du génome de l’hôte
Ces analyses sont réalisées sur l’ADN génomique extrait d’aliquotes de sang total surgelées. Elles comprennent l’identification de toutes les variantes génétiques dans le génome hôte et les variations génétiques, notamment les modifications du nombre de copies de certains gènes (séquençage pangénomique) de même que les variations génétiques communes à l’ensemble du génome (génotypage GWAS).
Protéomique
Somascan
Mesure simultanée de près de 5 000 protéines dans le plasma sanguin collecté grâce à une technologie à base d’aptamères. Cette technologie a été choisie en raison du grand nombre de protéines qu’elle peut mesurer dans un seul échantillon.
Marqueurs immuno-inflammation
Cette approche, complémentaire à la plateforme SomaScan® décrite ci-dessus, permettra de mesurer les marqueurs immuno-inflammatoires reconnus sur des échantillons de plasma à l’aide d’une technique sensible et précise (anticorps spécifiques à chaque analyte).
Laboratoire central normalisé
Ces analyses de base fourniront des tests sanguins normalisés mis au point par le panel Roche Diagnostics pour toutes les visites. Cela comprend les valeurs de base pour les troubles hépatiques, cardiaques et rénaux de même que les paramètres standard de l’inflammation mesurés sur les échantillons de plasma.
Métobolomique
Cette analyse métabolomique à grande échelle (plateforme Metabolon) utilisera des méthodes de chomotographie en phase liquide de très haute performance avec spectrométrie de masse en tandem (HPCL/SM/SM). Ce vaste profilage de molécules comprend 12 000 métabolites.
Immuno-sérologie
Le fait de produire et de maintenir les réactions aux anticorps spécifiques au virus est vraisemblablement la clé de l’immunité protectrice contre le SARS-CoV-2. Andrés Finzi (CRCHUM) procède actuellement aux deux épreuves sérologiques suivantes sur des échantillons de plasma de la BQC19 : i) ELISA (domaine de liaison au récepteur, DLR): anticorps totaux, IgM, IgA, IgG; ii) ELISA à base cellulaire (EBC) mesurant la liaison des anticorps à la glycoprotéine (S) pleine longueur.
Le Laboratoire national de microbiologie (LNM) effectuera des tests de séroneutralisation sur des échantillons de plasma. Ces tests visent à quantifier les titres d'anticorps neutralisants dans 2 000 échantillons BQC19 en mesurant le nombre de plages formées dans des cellules hôtes après ajout d'une suspension virale aux échantillons de plasma. Ces données apporteront des informations importantes sur la réponse immunitaire des patients BQC19 atteints de COVID-19.
Transcriptomique
De nombreuses études sur les maladies humaines d’origine virale, dont la COVID-19, ont établi des liens entre les signatures moléculaires dans les cellules du sang périphérique et l’issue de la maladie. L’ARN est extrait du tube PAXgene RNA, collecté lors de la même visite d’étude que celle de l’échantillon du plasma analysé par les autres tests et par le séquençage standard d’ARN à lecture courte sur les ARN poly-A effectué sur une fraction de l’ARN extrait. On réalisera le contrôle initial de la qualité dans l’installation de séquençage.
